dc.contributor |
Háskóli Íslands |
dc.contributor |
University of Iceland |
dc.contributor.advisor |
Pétur Orri Heiðarsson |
dc.contributor.author |
Bjarnason, Sveinn |
dc.date.accessioned |
2024-05-16T08:13:22Z |
dc.date.available |
2024-05-16T08:13:22Z |
dc.date.issued |
2024-05-10 |
dc.identifier.isbn |
978-9935-9769-4-9 |
dc.identifier.uri |
https://hdl.handle.net/20.500.11815/4918 |
dc.description.abstract |
Þessi ritgerð skoðar hlutverk ómótaðra próteina og svæða í kjarna heilkjörnunga, með áherslu á frumkvöðla umritunarþáttinn Sox2. Sox2 er þekkt fyrir hlutverk sitt í viðhaldi á fjölhæfni stofnfrumna og fyrir að hefja breytingar á tjáningu gena sem eru nauðsynlegar fyrir þróun og endurforritun frumna. Við skoðuðum hið dýnamíska samspil á milli Sox2, DNA og litnisagna. Með notkun háþróaðra aðferða eins og staksameinda FRET og kjarnsegulómum, ásamt tölvu hermunum, köfuðum við ofan í þær flóknu breytingar sem verða á aðgengileika ómótaðra virkjunarsvæða af völdum bindingar við DNA og litnisagnir. Niðurstöður okkar sýna að hreyfanleiki C-enda IDR Sox2 er stýrt af samskiptum innansameinda hleðslna og samskipti Sox2 við DNA veldur verulegri breytingu á mengi bygginga próteinsins án þess að hafa áhrif á DNA bindigetu. Auk þess greindum við stutta amínósýruröð innan ómótaðs svæðis Sox2 sem víxlverkar við histón próteinin í litnisögnum, dregur úr innankeðju hreyfanleika, og hefur mögulega áhrif á byggingu litnisagna. Með því að nota bæði Widom-601 og náttúrulegar litnisagna raðir, sýnum við hvernig Sox2 endurmótar litnisagnir og vörpum ljósi á eiginleika Sox2 til að fjarlægja histón H1. Með því að afhjúpa byggingarlegan breytileika Sox2 í samskiptum við litni, leggur þessi ritgerð grunn að þekkingu sem gæti leitt til þróunar á hnitmiðuðum aðferðum til að bæta endurforritunarhæfni Sox2. |
dc.description.abstract |
Þessi ritgerð skoðar hlutverk ómótaðra próteina og svæða í kjarna heilkjörnunga, með áherslu á frumkvöðla umritunarþáttinn Sox2. Sox2 er þekkt fyrir hlutverk sitt í viðhaldi á fjölhæfni stofnfrumna og fyrir að hefja breytingar á tjáningu gena sem eru nauðsynlegar fyrir þróun og endurforritun frumna. Við skoðuðum hið dýnamíska samspil á milli Sox2, DNA og litnisagna. Með notkun háþróaðra aðferða eins og staksameinda FRET og kjarnsegulómum, ásamt tölvu hermunum, köfuðum við ofan í þær flóknu breytingar sem verða á aðgengileika ómótaðra virkjunarsvæða af völdum bindingar við DNA og litnisagnir. Niðurstöður okkar sýna að hreyfanleiki C-enda IDR Sox2 er stýrt af samskiptum innansameinda hleðslna og samskipti Sox2 við DNA veldur verulegri breytingu á mengi bygginga próteinsins án þess að hafa áhrif á DNA bindigetu. Auk þess greindum við stutta amínósýruröð innan ómótaðs svæðis Sox2 sem víxlverkar við histón próteinin í litnisögnum, dregur úr innankeðju hreyfanleika, og hefur mögulega áhrif á byggingu litnisagna. Með því að nota bæði Widom-601 og náttúrulegar litnisagna raðir, sýnum við hvernig Sox2 endurmótar litnisagnir og vörpum ljósi á eiginleika Sox2 til að fjarlægja histón H1. Með því að afhjúpa byggingarlegan breytileika Sox2 í samskiptum við litni, leggur þessi ritgerð grunn að þekkingu sem gæti leitt til þróunar á hnitmiðuðum aðferðum til að bæta endurforritunarhæfni Sox2. |
dc.description.sponsorship |
The Icelandic Research Fund, Doctoral scholarship fund of The University of Iceland, European Research Council and ML4NGP (COST). |
dc.language.iso |
en |
dc.publisher |
University of Iceland, School of Engineering and Natural Sciences, Faculty of Life and Environmental Sciences |
dc.rights |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
dc.subject |
Doktorsritgerðir |
dc.subject |
Sox2 |
dc.subject |
Stofnfrumur |
dc.subject |
Hermun |
dc.subject |
DNA kjarnsýra |
dc.subject |
Lífefnafræði |
dc.subject |
Stem cell research |
dc.subject |
DNA |
dc.subject |
Nucleosomes |
dc.subject |
Förster Resonance Energy Transfer |
dc.subject |
Nuclear Magnetic Resonance spectroscopy |
dc.subject |
Computer Simulation |
dc.subject |
Biochemistry |
dc.title |
The Structural Dynamics of Sox2: Deciphering the Role of Intrinsically Disordered Regions in Pioneer Transcription Factors |
dc.type |
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
dc.contributor.department |
Líf- og umhverfisvísindadeild (HÍ) |
dc.contributor.department |
Faculty of Life and Environmental Sciences (UI) |
dc.contributor.school |
Verkfræði- og náttúruvísindasvið (HÍ) |
dc.contributor.school |
School of Engineering and Natural Sciences (UI) |